Mục tiêu đến năm 2030, tối thiểu 50% diện tích vùng biền và hải đảo Việt Nam được khảo sát, điều tra, phân tích, đánh giá về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo ở tỷ lệ 1:500.000 và điều tra ở tỷ lệ lớn đối với một số khu vực trọng điểm. Thành lập phân được bản đồ phân vùng rủi ro ô nhiễm và sức chịu tải của hệ sinh thái, tài nguyên, môi trường trên toàn vùng biển Việt Nam tỷ lệ 1:500.000 và tỷ lệ lớn khu vực biển ven bờ đến độ sâu 100m nước; xác định các nguy cơ gây ô nhiễm, suy thoái môi trường biển do chất thải nhựa, vi nhựa, chất thải phóng xạ, các hợp chất ô nhiễm mới có nguồn gốc từ hoạt động của con người; xác định khu vực biển thuận lợi cho hoạt động nhận chìm ở biển.
Một trong các nhiệm vụ của Chương trình giai đoạn 2020-2025 là điều tra tổng hợp điều kiện tự nhiên, kinh tế-xã hội, văn minh sinh thái biển nhằm có được các số liệu, dữ liệu về khí tượng, hải văn, môi trường, động đất, sóng thần… phục vụ quy hoạch, khai thác, sử dụng bền vững tài nguyên biển; xây dựng, thiết kế các công trình trên biển, đánh giá các tác động của yếu tố tự nhiên tới các công trình biển, quá trình xâm nhập mặn, suy thoái môi trường biển, phát triển bền vững kinh tế biển, bảo vệ quốc phòng, an ninh trên biển, ứng phó với biến đổi khí hậu, nước biển dâng.
Giai đoạn 2026-2030, Chương trình điều tra cơ bản kết hợp với nghiên cứu khoa học biển, phát huy vai trò của khoa học và công nghệ trong việc thúc đẩy, nâng cao chất lượng và hiệu quả công tác điều tra cơ bản tài nguyên và môi trường biển và hải đảo về quy luật phân bố và nguồn gốc thành tạo các khoáng sản biển (khí hydrate, sa khoáng,…), cổ khí hậu, cổ đại dương, chế độ thủy thạch động lực, ảnh hưởng của biến đổi khí hậu, ô nhiễm môi trường tới các hệ sinh thái…
Đồng thời, Chương trình tiếp tục điều tra đánh giá định kỳ một số yếu tố tự nhiên, tài nguyên có tính biến động cao như: hải dương học, khí tượng thủy văn, tài nguyên sinh vật, hệ sinh thái, môi trường biển và hải đảo; điều tra, đánh giá chi tiết tiềm năng, trữ lượng một số tài nguyên, khoáng sản biển, các loại tài nguyên mới phục vụ việc khai thác và sử dụng bền vững các loại tài nguyên biển; tăng cường hợp tác quốc tế trong điều tra, nghiên cứu những vấn đề mang tính khu vực và quốc tế như: ứng phó biến đổi khí hậu, nước biển dâng, rác thải xuyên biên giới, cảnh báo động đất, sóng thần, ô nhiễm, suy thoái môi trường biển, cổ khí hậu, cổ đại dương, chuỗi, lưới thức ăn, ăn mòn khí quyển và nước mặn đối với các công trình trên biển và ven biển.