Ban Quản lý Dự án được thành lập theo hướng dẫn tại Nghị định số 93/2009 và Hướng dẫn tại Thông tư số 07/2010/TT-BKH ngày 30/3/2010 của Bộ Kế hoạch & Đầu tư, có trách nhiệm giúp Chủ Dự án là Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam chủ trì, phối hợp với WWF-Việt Nam lập kế hoạch và thực hiện các hoạt động Dự án, theo dõi và đánh giá tình hình thực hiện Dự án; điều phối hoạt động phối hợp giữa các bên hữu quan; chỉ đạo các vấn đề phát sinh trong quá trình thực hiện Dự án; lập báo cáo kết thúc Dự án.
Ban Quản lý Dự án có Văn phòng thường trực được đặt tại Trụ sở Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam, tại số 83 Nguyễn Chí Thanh, Đống Đa, Hà Nội, Việt Nam .
Nhiệm vụ cụ thể của Ban Quản lý Dự án như sau:
- Nhiệm vụ lập kế hoạch hằng năm thực hiện Dự án;
- Nhiệm vụ quản lý chuẩn bị thực hiện Dự án;
- Nhiệm vụ thực hiện hoạt động đấu thầu và quản lý hợp đồng;
- Nhiệm vụ quản lý tài chính, tài sản và giải ngân;
- Nhiệm vụ hành chính, điều phối và giải nhiệm giải trình;
- Nhiệm vụ theo dõi, đánh giá và báo cáo tình hình thực hiện Dự án;
- Nhiệm vụ đối với nghiệm thu, bàn giao, quyết toán Dự án.
Bên cạnh đó, 04 Nhóm công tác cũng được thành lập để triển khai 04 Hợp phần của Dự án. Mỗi Nhóm có một đầu mối phụ trách và các thành viên do Tổng cục trưởng Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam chỉ định để điều phối việc triển khai các hoạt động của Nhóm. Thành viên của các Nhóm công tác gồm có:
- Đại diện Viện Nghiên cứu biển và hải đảo, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam
- Đại diện Tổng cục Môi trường
- Đại diện Trung tâm Truyền thông Tài nguyên & Môi trường
- Đại diện Vụ Chính sách và Pháp chế, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam
- Đại diện Cục Kiểm soát tài nguyên và Bảo vệ môi trường biển khu vực phía Bắc, Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam
- Đại diện Đoàn Thanh niên Cộng sản Hồ Chí Minh, Bộ Tài nguyên & Môi trường
- Đại diện thuộc Sở Tài nguyên Môi trường của các địa phương tham gia Dự án.